Pada tahun 1084, sebuah perselisihan lain terjadi secara tiba-tiba di antara kelompok Kiyohara. Yoshiie berpihak pada suatu kaum Kiyohira dipimpin oleh Fujiwara ( 1058-1128), salah satu pemimpin dari kelompok Kiyohara. Persekutuan yang cukup kuat untuk memadamkan perselisihan itu. Fujiwara akhirnya menguasai Honshu utara dan menjamin kedamaian sampai tahun 1087. Juga yang sangat mendukung kelompok pemenang itu adalah Minamoto ( 1045-1127), adik laki-laki Yoshiie's.

Setelah tiga tahun dari pertempuran ini, Fujiwara mendirikan sebuah kota besar di Hiraizumi yang memberikan dukungan dan kekayaan kepada Kyoto dan tempat itu diberi nama Kyoto Utara. Dengan sumber tambang emas, mereka semua menjadi sangat kaya dan membangun sebuah komplek kuil yang indah. Paviliun Golden-Hue Pavilyun di Kuil Chusonji saat sekarang, sebuah kuburan besar indah dari raja Fujiwara adalah yang paling terkenal diantara begitu banyak bangunan lainnya di Hiraizumi, dan tempat ini menarik 1.5 sampai 2 juta pengunjung pertahun. Kaya akan emas, Marco Polo ( 1254-1324), seorang pelaut Venesia, menjuluki Jepang sebagai sebuah pulau emas. Meskipun demikian, kaum Fujiwara pada akhirnya dibinasakan oleh Yoritomo Minamoto.

Tidak sama dengan kasus sembilan tahun gangguan terdahulu, pemerintah kerajaan menganggap pertempuran tiga tahun tersebut sebagai perselisihan kelompok dari kaum Kiyohara dan tidak memberi penghargaan apapun kepada para prajurit. Mereka telah mengambil resiko mempertaruhkan hidup dan tidak mendapatkan apapun sama sekali. Kemudian datanglah Yoshiie Minamoto. Ia dengan baik hati memberikan hadiah bagi para pengikut kelompok tersebut dengan kekayaan pribadinya. Mereka yang telah diberi hadiah oleh kedermawanannya telah mempererat tali persaudaran dengan kaum Minamoto, yang juga sedang melawan pemerintah kyoto dan sekutunya kaum Taira. Ketika Yoritomo Minamoto, keturunan Yoshiie's dari generasi yang keempat, berperang menghadapi kaum Taira pada tahun 1183, sejumlah besar kaum samurai di Jepang utara, yang masih merasakan berhutang kepada Yoshiie, masuk ke dalam persekutuan dengan Yoritomo, untuk membalas budi Yoshiie's terjun ikut dalam pertempuran.

Kuil ini berdiri diatas tanah tempat tinggal Yoshiie’s adik laki-laki Yoshimitsu dan pada periode Kamakura (1185-1333), yang kemudian ditempati oleh Hideyoshi Satake. Oleh karenanya, daerah ini disebut Satake dan keluarga Satakes tetap tinggal disini dari generasi ke generasi sampai periode Muromachi ( 1336-1573). Pada periode Edo (1603-1868), keluarga Satake telah pindah ke propinsi Akita dan menjadi seorang Raja feodal (Daimyo) Akita, dimana Sataka memainkan peran yang sangat penting untuk mengembangkan daerah tersebut. Di museum Satake dekat stasiun kereta api Akita, menjelaskan secara lengkap garis keturunan dari keluarga Satake. Semua itu menunjukkan kekuatan hubungan keluarga tersebut, dimana nama kecil mereka semua terdapat nama Yoshi.

Hideyoshi Satake adalah seorang pegawai yang sangat penting dari Yoritomo Minamoto, dan nenek moyangnya mendirikan sebuah kuil Shingon dengan nama Tafukuji pada tahun 1399 diatas tanahnya. Sejalan dengan waktu, Kuil Tafukuji mengalami kerusakan dan tidak terawat. Pada tahun 1444, Bhiksu Nisshutsu (1381-1459) dari sekte Nichiren merekonstruksi kuil itu dan memberi nama Tafukuzan Ichijo-in Taihoji, dan mengubah pemujaan kuil itu kepada sekte Nichiren. " Ichijo-In" adalah nama buddhis dari Bhiksu Nisshutsu's. Bhiksu Nisshutsu juga adalah Bhiksu pendiri Kuil Hongakuji dan pada waktu itu bertindak sebagai bagian dari Kuil Myohonji.

Tanah Satake sekarang telah diberikan dan dibangun tempat suci Shinto dengan nama Yakumo dan tempat itu adalah untuk mengenang Satake. Oleh karena itu, tempat suci Yakumo sering disebut juga Satake Ten’no. Setiap tahunnya ketika diadakan festival di tempat suci Yakumo, diadakan prosesi sepanjang jalan Omachi, dan akan melewati kuburan dari Satake didalam Kuil Taihoji untuk memberikan penghormatan kepadanya.

Aula Utama

Seperti umumnya kuil Nichiren Shu, Sanbo Honzon selalu diabadikan didalam aula utama sebagai objek pemujaan utama. Sanbo berarti Tiga Unsur yaitu, Buddha, Dharma, dan Sangha, dan Nichiren Shu sebuah stupa diletakkan ditengahnya yang ditulis tujuh aksara Na Mu Myo Ho Ren Ge Kyo (odaimoku) yang berarti pemujaan kepada Saddharma Pundarika Sutra. Dikiri dan kanan stupa itu terdapat rupang Buddha Sakyamuni dan Buddha Prabhutaratna, serta kemudian terdapat rupang Nichiren didepannya.

Juga terdapat beberapa rupang yang diabadikan dalam kuil antara lain:
• Kishimojin atau Hariti (skt), yang merupakan salah satu dewa yang terdapat dalam Saddharma Pundarika Sutra dan dipuja oleh penganut Nichiren sebagai dewa bagi keselamatan bayi. Dibuat pada tahun 1716.
• Daikokuten: Dewa Kekayaan, atau Dewa Kemakmuran, yang dalam bahasa sansekerta disebut Mahakala. Pada umumnya ia memakai kerudung dan membawa sebuah kanton besar yang berisi harta kekayaan dibahu kirinya. Pada tangan kanan memegang sebuah palu keberuntungan dan duduk diatas dua kantong beras.
• Rupang Bhiksu Nisshutsu
• Rupang Yoshimitsu Minamoto ( 1159-1189) yang diukir pada tahun 1854.

Acara Tahunan

Setiap tahun pada tanggal 22 Pebruari, Kuil ini selalu mengadakan acara pensucian para bhiksu sama seperti yang dilakukan di Kuil Choshoji. Para bhiksu melakukan mandi air dingin pada jam 12:30 p.m. Mereka hanya memakai celana dalam putih.